遲到超扣薪資與未申請不發加班費爭議，法院依勞基法第22條第2項及第24條第1項，認雇主不得以懲戒溢扣工資，且員工未寫加班單仍應給付加班費（參考自：臺北高等行政法院 110 年訴字第 42 號判決）。
對於許多受僱勞工而言，工資全額給付的權益是基本生存保障，但在實際職場中，卻常遇到因為遲到幾分鐘，而被公司依管理規章超額扣薪，或是辛苦加班卻因未事前填寫加班單而遭拒付加班費等爭議，法院對於雇主的管理權限與扣款標準又抱持何種態度呢？
⚖️ 遲到扣款超額還扣發加班費？勞動檢查揭開的薪資爭議
經營批發業的 A 公司與員工 B 約定遲到即按分鐘扣薪，且首月到職因事假計算短付工資，更在其遲到時扣除高於比例之金額，甚至連請病假亦遭溢扣，此外 B 在超時工作後，因未填寫加班單而未獲付任何款項。
公司起訴主張遲到扣薪是合意之懲戒，且未填加班單即無加班合意，病假溢扣為疏失且已補繳，這場關於勞資約定與加班費界線的訴訟，法院究竟會如何判決（改編自：臺北高等行政法院 110 年訴字第 42 號行政判決）。
一、約定遲到扣款高於實際時間，是否違反工資全額給付原則？
（一）勞資雙方約定超額扣發遲到薪資之法律效力
「勞工於遲到早退之時間範圍內，並未實際提供工作，基於「無工作，無工資」之原則，依債務之本旨，在此時間範圍內對應之工資債權並未發生，雇主不負有工資給付義務。故雇主未給付該部分工資，合乎債之本旨，且本質上並非懲戒措施，亦不生違反勞基法第22條第2項規定扣減工資之違章行為。是以，必須雇主所扣減之工資，超過勞工因遲到早退而未提供勞務時間範圍內對應之工資，始違反勞基法第22條第2項全額直接給付原則之規定。」
法院指出勞工遲到時因未提供勞務，雇主固然得依「無工作，無工資」原則扣除該遲到時間比例之薪資，但若扣除之金額超過未提供勞務時間所對應之工資，本質上便屬於懲戒措施，而此種高額扣款約定在勞雇雙方地位不對等下，因欠缺客觀合理性且顯失公平，應認該約定無效，雇主若有超額扣款即屬違反工資全額給付原則。
（二）到職首月事假扣薪及遲到扣款之具體計算方式
「其於108年6月3日到職，當月工作總日數為28日，6月19日及20日請事假2日，朱員108年6月工資為3萬5,000元（原處分卷第53頁），則原告應給付該月薪資為2萬9,078元【計算式：〔3萬5,000元÷30×（28-2）〕-個人負擔勞健保費1,256元】，惟原告僅給付朱員2萬7,809元，為原告所不爭執，且有轉帳資料附卷足憑（本院卷第133頁），短少給付工資1,269元（計算式：2萬7,809元-2萬9,078元），至屬明確。」
法院審查員工首月到職薪資時，認為應以全月薪資除以三十天，乘以該月實際在職天數扣除請假天數之比例，再扣除勞健保自付額進行計算，而該案中雇主對於請事假及遲到扣款之實際給付金額，皆低於法定應給付之標準，此種短付工資之行為，不因雇主事後補發而免除其先前已構成之違法事實，故仍認定雇主違反工資全額給付義務。
二、未填寫加班單卻超時工作，雇主可否拒絕給付加班費？
（一）勞工超時在工作場所提供勞務是否認屬工作時間
「是勞工在正常工作時間外，延長工作時間，無論係基於雇主明示或可得推知之意思而為雇主提供勞務，或雇主明知或可得而知勞工在其指揮監督下之工作場所延長工作時間提供勞務，卻未制止或為反對之意思而予以受領，均應認勞動契約之雙方當事人就延長工時達成合致之意思表示，該等提供勞務時間即屬延長工作時間，雇主負有本於勞動契約及勞基法規定給付延長工時工資之義務，此不因雇主採取加班申請制而有所不同，否則無法避免資方以其優勢，迫使勞工事實上延長工作時間，卻未申請加班，致無法達到保護勞工之立法目的。」
法院明確指出只要勞工在正常工作時間外提供勞務，不論是基於雇主明示或默許，亦或是雇主明知勞工在工作場所超時工作而未予制止，皆應認雙方就延長工時已達成合意，雇主便負有給付加班費之義務，否則若容許雇主以未寫申請單為由免責，將無法防範雇主利用優勢地位逼迫勞工無償超時加班，致失保護勞工之本意。
（二）公司內部加班申請制不能作為免除給付義務之依據
「勞工朱員於工作場所超過正常工作時間自動提供勞務，身為雇主之原告如未為反對之意思表示或防止之措施者，朱員提供勞務時間即應認屬工作時間，原告應依勞基法計給延長工時工資；縱系爭管理規章第23條規定，延長工時須事先申請，惟因工作場所係原告指揮監督之範圍，仍應就朱員之出勤及延時工作等情形善盡管理之責，原告尚不得以朱員延長工作時間，未依系爭管理規章第23條規定，事先申請加班，並經核准為由，拒絕給付延長工時工資。」
法院對此論述，即便公司規章約定加班須事前申請核准，但因工作場所屬雇主指揮監督範圍，雇主本應就員工出勤與延時工作善盡管理職責，因此，當員工確實有超時工作提供勞務，且雇主未當場表示反對或採取防止措施時，即應認屬工作時間，雇主絕不能以員工未事前申請加班為由，拒絕給付其法定之加班費。